Юрий Фельштинский родился в 1956 году в Москве. В 1974 году поступил на исторический факультет Московского педагогического института. В 1978 году эмигрировал в США, продолжил изучение истории сначала в Брандайском университете, затем в Ратгерсском, где получил степень доктора философии в истории (Ph.D.). В 1993 году защитил докторскую диссертацию в Институте истории Российской академии наук, стал первым иностранным гражданином, которому в России была присуждена ученая степень доктора. Редактор-составитель и комментатор нескольких десятков томов архивных документов по русской истории. Автор книг «Большевики и левые эсеры» (Париж, 1985); «К истории нашей закрытости» (Лондон, 1988; Москва 1991); «Крушение мировой революции» (Лондон, 1991; Москва, 1992); «Вожди в законе» (Москва, 1999).В 1998 году приехал в Москву, чтобы исследовать политические проблемы современной России. Тогда же познакомился с Александром Литвиненко, подполковником ФСБ, пошедшим на разрыв с системой, в которой Литвиненко проработал больше 20 лет. В 2000 году вместе с Литвиненко приступил к написанию книги «ФСБ взрывает Россию», описывающей постепенный захват власти в стране спецслужбами и расследующей причастность ФСБ к серии террористических актов, происшедших в период 1994-1999 годов. В августе 2001 года несколько глав книги «ФСБ взрывает Россию» были опубликованы спецвыпуском «Новой газеты». В 2002 году по книге был снят документальный фильм «Покушение на Россию». Однако в России и книга, и фильм были запрещены. Вместе с Литвиненко вплоть до 2006 года продолжал заниматься сбором дополнительных материалов, доказывающих причастность ФСБ ко взрывам жилых домов в сентябре 1999 года.В ноябре 2006 года Александр Литвиненко был убит в Лондоне. В 2007 году книга А. Литвиненко и Ю. Фельштинского «ФСБ взрывает Россию» вышла на двадцати языках в более чем двадцати странах.
Последние публикации Ю. Фельштинского: книги «Корпорация: Россия и КГБ во времена президента Путина» (в соавторстве с Владимиром Прибыловским) и «КГБ играет в шахматы» (в соавторстве с Б. Гулько и В. Поповым).